Les vitraux du bas-côté sud.

    Les vitraux de l'église de Chissey datent de la fin du XIXème siècle. Plusieurs d'entre eux ont été offerts par la famille Chavelet de Germigney dont la sépulture se trouve devant le porche, marque de gratitude pour cette famille de donateurs.

     Les fenêtres de l'édifice attestent du fait que l'église fait la transition entre l'art roman et l'art gothique. En effet, si elles sont de forme ogivale comme le sont les fenêtres dans l'art gothique, elles sont relativement étroites comme l'étaient les ouvertures dans l'art roman.

      Si les fenêtres du second niveau de la nef n'ont qu'une fonction qui est de donner plus de lumière à l'intérieur de l'édifice, les fenêtres du premier niveau représentent quelques grandes figures de saints ainsi que la Vierge et le Christ.  

    Fêtée le 9 mars, cette sainte vécut au XVème siècle à Rome où, tout en étant mariée à un noble de la ville, elle fonda un ordre religieux, les Oblates bénédictines. Elle rejoignit d'ailleurs la communauté après la mort de son époux.

    La tradition veut que Fraçoise soit constamment accompagnée de son ange gardien qu'elle voyait toujours bien qu'il fût invisible pour les autres. Il ne cessait de lui indiquer si ses actions allaient ou non dans le sens de la volonté de Dieu.

    La scène se situe dans un paysage romain, avec notamment un pin parasol à droite de l'image. Françoise, vêtue à la mode romaine, assise, la main gauche sur le coeur alors que de sa main droite, elle tient un livre religieux, paraît comme absorbée par les paroles que semble lui adresser son ange gardien.

     Celui-ci, debout, coiffé comme un moine et portant une dalmatique rouge, lève la main gauche à la manière d'un enseignant alors qu'il semble vouloir poser sa main droite sur l'épaule gauche de Françoise.   

   Évêque de Besançon durant sept ans, Claude vécut au VIIème siècle. Natif du Jura, il fut, après une carrière militaire, moine puis abbé dans le sud du Jura à Saint-Oyend de Joux. Nommé évêque de Besançon, il renonça à sa charge au bout de sept ans pour retrouver son cher monastère et sa chère solitude. À sa mort, sa réputation de sainteté donna lieu à un pélerinage qui fut à l'origine du développement d'une ville qui prit son nom. Patron du diocèse, il est fêté le 6 juin.

    Il est ici représenté en évêque. En effet, feuilletant les Évangiles, il porte la mitre et la crosse et est ganté comme l'étaient les prélats au XIXème siècle. Il porte également une étole et une chape rouges.

   Le Christ est représenté debout, vêtu d'une tunique rouge et d'un drapé bleu. Il est montré comme dans les images traditionnelles liées au culte du Sacré-Coeur tel qu'il serait apparu à Sainte Marguerite-Marie Alacoque à Paray-le-Monial. En effet, de sa main droite, il montre son coeur embrasé d'amour pour l'humanité et semble bénir de sa main gauche.

    Le Sacré-Coeur est célébré le troisième vendredi après la Pentecôte.

   Il s'agit ici d'une représentation de la Vierge Marie. Debout, vêtue de rouge et de bleu, elle soutient l'Enfant Jésus, debout sur le globe terrestre et ouvrant les bras comme pour embrasser l'humanité.La Vierge semble posée sur un nuage et absorbée dans une profonde méditation. Contrairement aux images traditionnelles, ici le Christ et la Vierge ne sont pas couronnés.

    Notre-Dame des Victoires est vénérée le 16 janvier depuis que Louis XIII a fait bâtir une église sous ce vocable pour fêter la victoire des troupes françaises au siège de La Rochelle.

   La rosace a en son centre un cercle rouge su lequel est dessinée la colombe, symbole de l'Esprit-Saint. Entourée de quatre lobes, cette représentation semble irradier le reste de la rosace, chaque lobe étant traversé par des rayons alternativement blanc, or et indigo sur fond rouge symbolisant le rayonnement de l'Esprit-Saint.